一、性質が異なる。専利権侵害紛争の処理行為は行政裁決に該当し、当事者は行政裁決の結果に不服がある場合、人民法院に行政訴訟を提起することができる。専利紛争の行為の調停は行政調停に該当し、当事者は不服審査を申し立てることができず、行政訴訟を提起することもできない。
二、処理対象が異なる。専利権侵害紛争の処理の対象は専利権侵害民事紛争である。専利紛争の調停の対象は、専利権帰属紛争、発明者又は設計者の資格紛争、奨励・報酬紛争、発明専利仮保護期間使用料紛争及びその他の専利紛争を含む。
三、プログラムが異なる。専利権侵害紛争の処理が申請により開始された後、申請人は申請を取り消すことができ、被申請人は取り消すことができない。専利紛争の調停が申請により開始された後、いずれか一方が調停を拒絶し、又は調停が合意に達しなかった場合、調停活動は終了することができる。
四、処理結果の効力は異なる。専利権侵害紛争の行政には強制性があり、当事者は専利権侵害紛争の処理決定を不服とする場合、人民法院に訴訟を提起することができ、期間満了しても訴訟を履行しない場合、専利業務管理部門は人民法院に強制執行を申請することができる。専利紛争の調停の結果には強制性がなく、当事者が調停合意を履行しない場合、その他のルートを通じて紛争を解決することができる。